L'instruction débute dès que le greffe a enregistré la requête.
Le président de la juridiction désigne un magistrat rapporteur chargé de suivre l'instruction. Mais l'affaire est étudiée par plusieurs magistrats.
L'instruction s'appuie sur des mémoires écrits présentant, de manière contradictoire, les arguments des 2 parties : le demandeur et le défendeur (l'administration attaquée).
La requête introductive est communiquée à l'administration attaquée. Elle présente des observations en défense. Ces observations sont transmises au demandeur pour qu'il y réponde par un mémoire en réplique.
Le tribunal administratif peut aussi organiser une séance orale d'instruction ou une audience d'instruction.
La séance orale d'instruction et l'audience d'instruction peuvent permettre d'avoir un débat contradictoire sur les éléments utiles pour trancher le litige. Ces séances ne concernent pas le bien fondé des arguments invoqués à l'appui de la requête.
Quand l'instruction est terminée, l'affaire est inscrite à une séance de jugement.
Les parties peuvent adresser leurs écrits jusqu'à la date fixée par l'ordonnance de clôture de l'instruction.
En l'absence d'ordonnance, elles ont jusqu'à 3 jours francs (un jour franc dure de 0h à 24h) avant l'audience. Ce délai s'applique sans tenir compte des jours fériés, du samedi et du dimanche.
Si un avocat représente le demandeur, la juridiction communiquera avec lui via le téléservice Télérecours.
Si le demandeur n'est pas représenté par un avocat et qu'il a déposé sa requête via le téléservice Télérecours citoyens , la juridiction échangera avec lui via cette application.
En cas d'erreur dans le libellé d'une pièce jointe envoyée via l'application, la pièce ne sera pas prise en compte pour l'examen du litige.
Si, après l'introduction de la requête, le demandeur envoie un mémoire ou une pièce à la juridiction via un autre moyen que l'application, la juridiction lui donnera un délai pour renvoyer le document via l'application. Si le demandeur ne le fait pas, la pièce ne sera pas prise en compte pour l'examen du litige.